En el Plan de Manejo de Bahía Lomas, las amenazas se definen como aquellas actividades humanas, políticas y/o contextos legales o administrativos que tienen un efecto directo o indirecto sobre los objetos de conservación que se identificaron en Bahía Lomas.
En este contexto, las principales amenazas corresponden a: actividades que producen contaminación por hidrocarburos u otras sustancias químicas, pérdida de hábitat por actividades mineras y ganaderas, y aquellas asociadas con la administración y práctica de manejo del área (e.g. turismo no orientado hacia la conservación del sitio y acumulación de basura, entre otros).
